Bioagua grundades som enskild firma i januari 2003, av Jonas Möller Nielsen, som är utbildad hortonom med inriktning mot växthusteknik.
Sedan 2001 har Jonas arbetat med bioteknisk vattenbehandling och 2003 bildade han Bioagua.
Den 22 februari 2007 ombildades bolaget till aktiebolag för att kunna ta in nya ägare och för att verksamheten skulle bli mer renodlad.